Ученые расшифровали геном ореха
Исследователи из Университета Коннектикута опубликовали первый высококачественный эталонный геном ореха (Juglans cinerea), члена семейства грецких орехов Juglandaceae. Результаты опубликованы в журнале G3: Genes, Genomes, Genetics.
Баттернат, также известный как белый грецкий орех, представляет собой листопадное, скрещивающееся и опыляемое ветром дерево с кроной, произрастающее в восточной части Северной Америки.
Когда-то он ценился за древесину и съедобные орехи, а сегодня он занесен в Красный список МСОП как находящийся под угрозой исчезновения из-за снижения заболеваемости раком ореха, заболеванием, вызываемым грибком Ophiognomonia clavigignenti- juglandacearum.
Обнаруженная в 1960-х годах и теперь обнаруженная по всему ареалу ореха, к 1990-м годам болезнь уже привела к гибели более 80% ореховых деревьев во многих штатах и угрожает этому виду исчезновением.
«Нам интересно узнать, какая часть популяции ореха ореха уже гибридизирована с грецким орехом японским (Juglans ailantifolia) и что способствует генетической устойчивости к грибковой инфекции», — объясняет доктор Джилл Вегжин из Университета Коннектикута.
Чтобы устранить пробел в природоохранной генетике, студенты и аспиранты Университета Коннектикута работали с практиками над созданием первого эталонного генома Juglans cinerea.
Ссылка в масштабе хромосом была аннотирована существующими транскриптомными ресурсами и исследована в эволюционном контексте недавно секвенированных членов семейства Juglandaceae со всего мира.
«Создание генома было связано с годовой программой обучения, начатой с извлечения высокомолекулярной массы целевого дерева», — сказали исследователи. «Студенты тесно сотрудничали с аспирантами и преподавателями, чтобы понять проблемы, связанные со сборкой и аннотацией генома. При этом геном выиграл от надежных методов тестирования».
Кроме того, как отметили ученые, программа пересеклась с практиками, которые предоставили информацию о эталонном образце и структуре, которая будет определять применение этого высококачественного эталонного образца в будущем.